Chapter.1〜6 H.Aの残したメッセージ
1952年ベルリンで第一次崩壊が発生、とある青年がただ一人生き残り天命に保護された。貴重な実験サンプルΩ1となった青年は、苦痛を伴う実験を繰り返され、死を考えたこともあった。しかし、3年後の1955年、ロンドンの帝国研究所42実験室に送られ転機を迎えることになる。
そこで青年はヴェルト・ジョイスと名付けられ、実験室のアインシュタイン博士、テスラ博士らのアシスタントとなった。ヴェルトは博士らのアメリカでの調査に同行。前文明の遺跡で、現文明の人間が残したと思われるメッセージを発見する。メッセージの主H.Aは天命を恐れて、遺跡にあった魂鋼を別の場所に移したものと思われた。
アインシュタインは魂鋼の移動先を北アイルランドのロンドンデリーであると推測する。一行はイギリスに戻り、調査を続行することになった。
Chapter.7〜12 最後の魂鋼
イギリスに帰ったヴェルト達は、H.Aの残したメッセージをたどり魂鋼を手に入れた。魂鋼の中に入っていたのはH.Aの映像と暗号化されたデータ。崩壊を根絶することは不可能、それを示す重要な証拠を最後の魂鋼に残したと彼女は告げた。暗号の解読には前文明のコンピュータであるエイダでも1ヶ月かかるということで実験室は長い休暇期間に入った。
ヴェルトはみなと訪れたリゾートで北米支部のプランクとした内緒話を思い出す。天命内部での立場、権力構造…魂鋼は争いの火種になりかねない存在だった。もしも、その時がきたら守るべき人を守って。プランクはそう優しく忠告するのだった。
北米支部では本部から提供された未公開の死海文書を解読。その中にあった崩壊エネルギー変換技術を現代に蘇らせる実験を行う。結果は成功。北米支部のスポンサーであり実質的権力者であるナンシーは、このプロジェクトを「ムーンライト・スローン」と名付けた。
Chapter.13〜18 自由の国
1946年の夏、アインシュタインはその後の人生を変える二人と出会った。一人は後の指導教官であるプランク。もうひとりは心療科の医師ながら数学にも詳しいカール・グスタフ。しかし、彼はベルリンの崩壊災害に巻き込まれ帰らぬ人となった。
夜アインシュタインと天体観測をし、ホテルに帰ったヴェルトは浴場で天命の大主教オットー・アポカリプスに遭遇する。彼こそヴェルトの文通相手フールα。ヴェルトの隠れた天賦を見出し、自身の後継者とするべく目をつけていたのだった。
エイダによる暗号解読が完了し、ヴェルト達は新たな手がかりを手に入れた。H.Aがアメリカに残したという前文明の記録と切り札を求めてアメリカのボストンに向かう。そこにあったのは、第十二律者と生き残り達の壮絶な記録。そして天命に抗うための切り札である神の鍵「エデンの星」。
神の鍵を手に入れた後、地震が発生し崩壊パルスが観測された。これらはベルリンのような崩壊災害が起こる予兆。地震の震源は北米支部がエネルギー変換実験を続けているニューヨークだった。
Chapter.19〜24 テセウスの船
崩壊災害を危惧し、ニューヨークへ向かった一行は戦乙女リアーナと合流した。しかし、コネチカット州で危険な状態の一般人エイレンに遭遇。黒淵白花を使って治療したリアーナは倒れてしまった。リアーナが運ばれたのは、エイレンの知り合いが経営する診療所。
そこに、崩壊エネルギーに侵蝕され異形化したシュレーディンガーが現れる。彼女はヴェルトが第一律者だと知り、本来の力を目覚めさせるため、襲いかかった。正面から彼女に立ち向かい律者の力の一端を目覚めさせるヴェルト。
一行の車がニューヨーク近郊を走っていると、エジソンが発するアナログ信号を受信。彼女は、崩壊エネルギーの圧縮ボールを、外海まで持っていき爆発させるつもりであるという。
爆発により津波が押し寄せる港町に到着した一行は、死海文書を解読していたエリアスと再会。彼はオットーの指示で解読結果を改ざんしていた。結果、エジソンらの実験は失敗し、現在の事態を引き起こした。
真相を話すエリアスを貫くリアーナの槍。そして彼女の体の中から現れる大主教オットー・アポカリプス。彼はリアーナの体を機械へと改造し、乗っ取っていたのだった。
Chapter.25,26 ヴェルト
天命大主教オットーに立ち向かうシュレーディンガー、天命のエージェントマーガレット（ホテルオーナーリータ）、そしてヴェルト。律者として目覚めたヴェルトはエデンの星を使い、オットーを追い詰める。しかし、オットーによってエデンの星は破壊されてしまった。
もはや、万事休すかと思われたが、マーガレットの持つ魂鋼を溶かす特殊なスプレーとリアーナ自身の反撃によって、リアーナはオットーの支配から脱した。しかし、天命の開発した崩壊分裂ミサイルが街に飛来しつつあることを一行は知る。
リアーナが黒淵白花を使い起爆装置を分解、ヴェルトが残った崩壊エネルギーから街を守る。二人はただではすまないが、人々を守るにはこの方法しかなかった。結果は成功し、誰も死なせることなく二人によって街は救われた。
律者コアは唯一の適正男性としてヨアヒムが継承。コアの能力によってヨアヒムはヴェルトの姿になってしまうようになった。ヨアヒムはコアだけでなく、名と姿までもヴェルトから受け継いだのだった。