Chapter. 9
18年前、アリスを作った博士はアレクサンドリアから追放された。その時、博士を引き止めたのは20年前に都市管理協会の会長となったシェリー。シェリーは街の発展を願う者のよしみで、博士に実験の放棄を勧めたのだった。
博士の「脳機」はチューリング・テストに合格した。一つの意識を持っている。繋がれた複数の脳が「融合」された意識である。人類の意思を一つにできれば、世界のあらゆる紛争を集結させられる。その上、一個体の死がなくなり、不老不死となった人類は死の恐怖からも逃れることができる。自身の哲学を貫くため、博士ファウストはアレクサンドリアを出ていった。
都市管理協会のサーバールームでシュレーディンガーはロボットを停止させた。しかし、それも根本的な解決にはならない。反撃のために一行は理性の結晶が保管されているロケット発射場の研究基地へ向かった。
硫黄湖のビアンカ達は、誘拐犯の基地へ突入。すると、硫化水素ガスで死亡したと思われる誘拐犯と人質の肢体を発見した。
アリスは、博士の助手と学者達を見殺しにした。彼らはアリスを人間と見なさず、廃棄しようとしていた。そう語るアリスに突如、シュレーディンガーが話しかける。彼女は攻撃者であるアリスをハッキングし、管理権限を奪っい、電力を消費するプログラムは削除された。
Chapter. 10
アレクサンドリアのロボットを操っていたアリスのプログラムは制圧された。アリスの記録を把握したシュレーディンガーは、彼女の犯した罪について裁かれる必要があると言及。ガスで死にかけた人を見殺しにした罪だけでなく、街での行方不明者の事件も脳を取り出すために起きたもの。アリスは加害者であり被害者でもある。シェイクスピアとシュレーディンガーはシェリーに理性の結晶を要求した。
ファウストの基地は突入部隊によって制圧され、アリスは裁判にかけられた。アリスの判決は監視生活10年、義務労働20年、システム管理権移譲50年。刑罰の監督はジミーが務めることになった。監督者となったジミーとドイツ軍人のアルフレートはアレクサンドリアに残ることに決める。
理性の結晶はシェイクスピアに渡され、その穴はアリスが埋めることになった。アリスの義務労働とは街のロボットを管理すること。一方、理性の結晶をはめ込んだデュランダルは、自我を持ってしゃべり出した。デュランダルにとって理性の結晶が脳、勇気の結晶が目の役割を持っていた。
デュランダル 自我を取り戻したデュランダルは魂鋼によって姿を変えた。 魂鋼を使ったことで、リタは前文明紀元の「制式武器」ではないかと問う。しかし、デュランダルは「人間とは関係ないもの」と答えた。
Chapter. 11
ジミーがカレドニア号を降りた代わりに、シャンポリオンが旅の仲間として加わった。
ビアンカはデュランダルの来歴を聞くが、軽薄なデュランダルに苛立ちを隠せない。まだデュランダルには謎が多い。焦らずに少しづつ仲を深めればよいとリタは助言した。
デュランダルが生まれた時代 「チュクチとアラスカがまだ連なっていて」→ユーラシア大陸とアメリカ大陸が繋がっていてベーリング海峡がなかった時代、約3万～1万3000年前 「ムー大陸が沈む前」→約1万2000年前まで デュランダルを作った人間 禁欲的な人々で毎日研究に明け暮れていた。※メインストーリー22章でも現文明人との気質の違いについて触れている 彼らはデュランダルの演算能力で、とある技術を開発するのが目的だった。それは物体の構造や物理性質を変え、機会的には切断できないものも切断できる技術。 完全体の持つ7つの宝石（デュランダル曰くユニット）のうち5つはデュランダルの機械学習で得られた副産物。 とある粒子を操作する技術を作り出し、目的を達したデュランダルは「つまらない」という感情を学習した。100年後に目覚める設定をしてシャットダウン。しかし、目覚めた時には人類は滅んでしまっていた。 三度目に目覚めた時に出会ったのがカール大帝の騎士、ローランド。月に行きたいという彼女の希望は叶えられなかったため、代わりに月のような風景の塩湖を作ったという。
カレドニア号は中継補給地であるアゾレス諸島に到着した。ビアンカはシェイクスピアに謎の儀式に付き合わされる。ビアンカの世界と違い、アゾレス諸島は住む人のいない無人島だった。
島の岬でシェイクスピアはツボを投げ捨て手紙を読み上げる。それはシェリーがファウストを追悼するために書いた手紙。生前、ファウストが「アトランティスの永遠の宮殿」に葬ってほしいとふざけていった望みを叶えるためだった。
Chapter. 12
次の目的地はユカタン半島。船員の指揮を上げるため、シェイクスピアは演説を、シュレーディンガーは正体を明かして、ダイヤの原石をデュランダルでカットするパフォーマンスを行った。
アスガルドの壁の来歴（シェイクスピアの演説より） 壁ができたのは約1世紀前。「秋分の日、皇帝がアムステルダムから上陸した」皇帝は今となっては分からない。だが、彼の政治手腕は異世界からきた人々が知る統治者とは異なっていた。 老人達が語ることには、皇帝の行列を見たものの半数は行列に加わる。行列は大陸中央の古城跡に辿り着いた。そこからいきなりエネルギー障壁が広がっていったという。壁に触れると植物も動物もみな白い灰となった。 量子化 粒子のユニタリー性が失われた状態。 物理的に存在する「安定性」を失い虚数エネルギーが暴走すると起こる現象。簡単に言うと実体がない状態。 30年前に次元跳躍 シュレーディンガーが行方不明になった後 実体を失ったシュレーディンガーは、量子の海の底へと落ち、エネルギーの最下点の世界、その狭間に囚われるはずだった。 世界の外の深淵をゆっくりと沈んでいく中、デュランダルに触れたことで彼女は安定性を取り戻した。その時のデュランダルは魂がなく体だけ、逆にシュレーディンガーは実体のない不安定な存在。相互に影響しあい、デュランダルは本来の力を取り戻した。 シュレーディンガーは深淵から脱出しようとしたが、元の世界へ跳躍するための「目印」がなかった。跳躍先がどうなるかも分からないまま、脱出したところ、今の世界の泡に辿り着いた。 崩壊エネルギーは紫色 デュランダルで試し切りをした際、シュレーディンガーはエネルギーを注いだ。その時、柄を握る右手が紫色に光っていた。
2012年3月6日、ユカタン半島に到着したビアンカ達は現地住民達の争いに介入した。