Chapter.1〜4 極秘任務
西暦2012年、12歳のビアンカ（デュランダル）と16歳のリタはオットーの命でとある極秘任務についた。任務の内容は量子の海に行き、自分たちとよく似た世界を観測できるというエーテルアンカーポイントを捜索すること。
量子の海でビアンカ達は潜水艦カレドニア号の船長シェイクスピアに出会う。ビアンカとシェイクスピアは互いの目的を共有した。
この異世界ではヨーロッパ全土に崩壊エネルギーの壁が発生し、世界を飲み込もうとしていた。シェイクスピアは壁の問題を解決する鍵となる宝剣ドゥリンダナを偶然、手に入れていた。しかし、今は特殊な力を失ってしまっているという。修理するには剣から散ったという7つの宝石を見つけるしかない。カレドニア号はまずアレクサンドリアに向かった。
Chapter.5〜8 アレクサンドリアのからくり
アレクサンドリアに着いたビアンカは、船長が決めたくじ引きによってジミーと共に街を回ることになった。途中で偶然出会った哲学者のタレスも加わり、観光していると大図書館でジミーが誘拐されて行方不明に。
ジミーを誘拐したのは、アレクサンドリアから追放されたという博士の助手達。博士亡き今も目的を完遂しようと複数の学者を誘拐していた。しかし、博士たちが作ったバイオコンピュータ、アリスには倫理的な問題を抱えており学者と助手は諍いを起こして死んでしまった。
一人残ったジミーは、アリスにメンテナンスを依頼された。彼女は他人の手で定期的なメンテナンスを受けないと死んでしまう。アリスの身の上に同情したジミーはアリスのメンテナンスを引き受ける。ところが、作業中に電力供給に異常が発生。それは死んだ博士が残した街への復讐計画によるものだった。
一方、シェイクスピアと副官の鉄仮面は都市管理協会に現れる。鉄仮面はかつて行方不明となった科学者シュレーディンガー。体の半分が量子化した彼女は、次元旅行者となりこの世界に流れ着いていたのだった。
シュレーディンガーはアレクサンドリアの管理システムのからくりを推測し、その脆弱性を指摘する。アレクサンドリアのロボット達は聖剣デュランダルの宝石、理性の結晶の力で動いていた。
Chapter.9〜12 判決
都市管理協会の会長シェリーは、博士ファウストのかつての研究仲間だった。ファウストの作ったアリスは、チューリング・テストにも合格する自我がある。複数の人間の脳が融合した存在。それは人間の意思が統一できるということ。世界から紛争をなくし、さらには人類が不老不死となり死すら克服できる。それがファウストの目指す目標だった。
シュレーディンガーはアリスをハッキングし異常事態を収束。アリスの記録から分かったのは、彼女は被害者でもあり加害者でもあるということ。アリスは博士の助手と彼らが誘拐した学者を見殺しにしていた。アリスは人間と同じように裁判にかけられ、義務労働の刑罰を受けることに。
義務労働とはアレクサンドリアのロボット達の管理業務。シェイクスピアが理性の結晶を譲り受け、メインブレインのなくなった穴をアリスが埋めることになったのだった。
理性の結晶をはめ込まれたデュランダルは、自我を持って喋りだす。理性の結晶はデュランダルにとって脳の役割を持つユニットだった。デュランダルは前文明の人間に作られた機械学習用コンピュータ。とある技術の開発をしていたという。しかし、まだ謎が多い。リタはビアンカにデュランダルと仲を深めるよう助言した。
Chapter.13〜16 超人の国
ユカタン半島にやってきたビアンカ達。そこには超人ナコムを崇敬する信仰を根付かせた大司祭エステル・ツァラトゥストラが統治する場所だった。連邦から小さな村を守るためビアンカが戦乙女の力を見せたところ、一行はナコムとして丁重なもてなしを受けることになる。
連邦の首都で大司祭エステルを訪ねる一行。エステルはイランの蛇王伝説にあるような、邪悪な王だった。しかし、リタの機転でエステルを返り討ちに。すると彼女に利用され封印されていた老いた龍が湖から現れる。
彼はかつてナポレオン・ボナパルトの側近だったベルトランだった。ヨーロッパの壁を作ったのは、彼の主ナポレオン。ナポレオンは奇妙なインド人の謎の薬剤によって超人となり、自身の帝国を作りために壁を作ったのだという。
Chapter.17〜20 インカ共和国
エステルに騙されてはめ込まれたというベルトランの首にの宝石はデュランダルの宝石だった。宝石を取り外した後、ビアンカ達は彼を説得し連邦の新しい大司祭にする。
次にビアンカ達が目指したのは南アメリカ大陸赤道付近の町キト。上陸した一行は、インカ共和国の軍人ローランドに出会う。彼女が案内人として同行することに。
カレドニア号内でアレクサンドリアと通信すると、図書館長のミケランジェロが共和国の人間だと判明。彼女は共和国の重要な拠点であるワカートンネルについて解説した。共和国はワカートンネル要塞を中心に壁の中から湧いてくる崩壊獣と戦い続けていた。