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Chapter I 黄昏・少女・戦艦
蒼海市上空に現れた謎の無人戦艦の制圧任務。
戦艦に着艦したキアナは芽衣と合流。途中で強力な崩壊獣に襲われ窮地に陥るも、芽衣の中に眠る第三律者の力で崩壊獣は撃退された。
ハッキング能力を持つブローニャも任務に加わり、戦艦を制圧すると「戦艦をプレゼントする」というメールを発見する。その後、艦橋でブローニャが謎の暴走を起こす。学園はそれを戦艦の特殊なエンジンの影響だと判断するのだった。
Chapter II 夢の中の声
学園に戻ったキアナ達は定期試験に臨む。
クラスメイトに助けられ試験の準備をするキアナは、不思議な夢を見る。夢の中でキアナに語りかけていたのは第二律者だった。
夢に悩まされながらも、試験で階級以上の実力を見せるキアナ。学園へ視察に訪れていたリタは、その様子を大主教オットーへ報告する。
Chapter III 風の旋律
オセアニア支部でのデザイアジェム回収任務。
戦艦の謎メールの手かがりは4つの「鍵」。それに相当するのが第二律者のコアから生まれた4つのジェムであると推測したテレサは、デザイアジェムを回収する任務をキアナ達に課した。デザイアジェムの回収とは、ジェムを埋め込まれた戦乙女ウェンディを、崩壊現象に巻き込まれたオセアニア支部から救出することだった。
任務が完了するかに見えたその時、ウェンディは律者として覚醒。さらに、ブローニャの養母であるカカリアにブローニャは操られ、ウェンディと芽衣が捕獲されてしまう。残されたキアナは姫子、テレサと共に三人の奪還を目指す。
Chapter IV 裏切りは銀色の微笑み
ネゲントロピー本部であるME社への侵入作戦。
キアナ達はブローニャの導きによってME社に侵入を果たが、それもカカリアの罠だった。ウェンディはジェムを取り出され、死亡。カカリアはジェムを利用した新兵器をキアナ達にけしかける。
ブローニャはカカリアの支配から脱するために、自身のバイオチップを破壊し昏睡状態に。テレサは彼女を救う手立てを求め、学園地下の中央教会堂へ向かった。
Chapter V 雪原での再会
バーチャル空間で第三次崩壊の一件を体験する。昔の両親との出会い。
テレサの後をつけたキアナは、教会堂でバーチャル空間に取り込まれる。そこは2000年のシベリアを再現した空間だった。
キアナはこの作戦で母セシリアが死ぬことに気づき、当時のテレサと共に母の出撃を阻止すべく行動するも失敗。聖遺物「天火聖裁」を使った父ジークフリートは重症を負う。セシリアは「黒淵白花」によってジークフリートを救命したが、命と体力を消耗した状態で第二律者と戦わなければならなくなった。
Chapter VI バビロンの囚人
キアナは母セシリアとともに第二律者シーリンを追う。シーリンは天命がシベリア実験室で行った人体実験の被害者だった。
セシリアとともにシーリンを打倒し喜ぶキアナだったが、すべてはシーリンが見せた幻。
教会堂に現れたフカに真実を伝えられるもキアナは現実を受け入れられない。キアナはフカの言葉に耳を貸さず、幻の実験室で見つけた魔法の呪文を唱える。すると強烈な崩壊エネルギーが溢れ出し律者の力が覚醒した。
Chapter VII 反逆の刃を天にかざす
天命本部に連れされたキアナを取り戻すため、テレサ率いる極東支部は本部に反旗を翻した。
テレサは敵対組織であるネゲントロピーに協力を要請。ネゲントロピーの博士であるアインシュタイン、テスラと、彼らの機甲部隊が加わった極東支部は、キアナのいる天命本部を目指す。
Chapter VIII 女王降臨
テレサ達は天命本部の外郭を突破し内部へ侵入。キアナがいるヘルヘイム実験室を目指す。
身体に限界が近づいていた姫子は、実験室までの血路を開く危険な任務に名乗り出る。テスラのサポート受け任務を達成するも、直後に遭遇した天命本部側のフカとリタに敗北した。
芽衣とテレサは、姫子によって防御シールドが解除された実験室に向かう。その途中、芽衣の前に突如として現れたキアナ。第三律者の力を借りて芽衣は応戦。しかし、キアナが持つ空の律者としての力は圧倒的で、芽衣は何もすることができなかった。
Chapter IX 明日への旅路
人知を超えた力を持つ空の律者によって、絶望的な状況に陥る極東支部。
オットーの目的は律者の力を持つ人類を誕生させること。キアナはそのための実験体K423。実験を成功させるため、全ては彼が仕組んだことだった。
現状を変えたいフカはヘルヘイム実験室に拘束されていた姫子とテスラを開放する。二人はフカの提供した手かがりを元に実験室を探索し、オットーの研究の詳細を知る。彼が研究していたのは、律者を殺すことも可能な「神殺しの槍」と呼ばれる薬。また、律者へ対抗する唯一の手段、装甲「真紅の騎士・月蝕」を手に入れる。
姫子は真紅の騎士を装着し空の律者と交戦。死闘の末、空の律者に「神殺しの槍」を打ち込んだ。
Chapter IX-1 天穹の追跡者
空の律者と姫子の戦いの後、二人は行方不明に。しかし、空の律者が覚醒したことで発生した大崩壊は止まらない。
大崩壊発生から4ヶ月、極東支部と天命本部はそれぞれキアナの行方を追っていた。二つの組織は空の律者の情報を持っている情報屋灰蛇と接触するべく天穹市に向かう。
テレサ達が指定された取引場所に到着すると灰蛇は殺された後だった。彼の持つ膨大な情報は、彼が改造した人型ロボットの少女でなければ選別して引き出すことは不可能。先んじて灰蛇を殺し認証用バイオリックを手に入れていたリタは、それを使って少女から情報を引き出した。
Chapter IX-2 暗躍する蛇
人型ロボットを連れ天穹市を離れたハイペリオンに、死んだはずの灰蛇から通信が入る。契約をすでに成立している、よって「報酬はいただく」。直後、灰蛇によってハイペリオンのメインシステムのコントロールを奪われ、ヨルムンガンドの機械化部隊が襲来した。
システムを取り戻すため、ブローニャはハイペリオンの虚数空間に接続。灰蛇は悪夢を見せてブローニャを妨害しようとする。なんとか悪夢を突破した先で彼女が見たのは、アインシュタインらが行ったとある実験の記録。
ブローニャは灰蛇が本当に狙っていたものに気づく。実験中に起こった異常により、ネゲントロピーが「量子の海」で見たもの。それが灰蛇が求めていた情報だった。
Chapter X 深淵の底
天命に追い回され、ネゲントロピーの秘密拠点「海淵城」に潜伏するカカリア。彼女の持つデザイアジェムを守るため一行は海淵城へ向かうことになった。
海淵城に着き、カカリアからデザイアジェムを回収しようとしたものの、ジェムは「量子の海」に落ちてしまったとカカリアは言う。一行は仕方なく「量子の海」からジェムを回収する計画を立てる。
計画実行日、量子の海に繋がるゲート「海淵の目」に異常が発生。このままでは、目が閉じてしまいジェムを回収することができなくなる。切羽詰まった状況でこの事実に気づいたのはブローニャただ一人。ブローニャは単独で量子の海へ飛び込んだ。
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