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第一部 空の律者復活計画
オットーによる空の律者復活計画を描く序章。
想い人であるカレンを失った天命大主教オットー・アポカリプスは彼女を復活させる方法を模索していた。彼女との再会には空の律者の力が必要不可欠。だが、空の律者シーリンは死亡し、律者コアの欠片だけが残された。
オットーはとある子供――キアナ・カスラナに目をつける。キアナは特殊な血筋であるシャニアテ家とカスラナ家の両親から生まれた子供。主人公キアナは彼女のクローンであり、空の律者復活の器として作られた実験体K423だった。
【導入】オットーの計画が始動
聖フレイヤ学園の戦乙女として任務をこなすキアナ、芽衣、ブローニャ。ある日の任務で制圧した戦艦は謎の人物――オットーからのプレゼントだった。ここからオットーの目論見通りに事態は進んでいく。
聖フレイヤ学園へと帰還した三人は戦乙女の定期試験に臨む。キアナは第二律者シーリンが見せる謎の夢に悩まされるものの、試験で想定を超える実力を発揮して活躍。天命本部から試験を視察に来ていたリタは、この様子をオットーに報告した。
伏線：芽衣に埋め込まれたコンケストジェム 芽衣の中のコンケストジェムは空の律者コアの欠片のひとつ。空の律者は芽衣からジェムを取り返したが、芽衣の体内には虚数空間との繋がりが残されていた。 芽衣は長空市に残った崩壊エネルギーを吸収し、再び雷の律者となる。これによりキアナの中のコンケストジェムは喪失。律者という力を手に入れた芽衣は、キアナとは別の道を行くと決意する。
Chapter：1, 2
【デザイアジェム編】ジェムがカカリアの手に渡る
デザイアジェムを回収するためオセアニア支部に向かったキアナ達。任務が完了するかに見えたその時、ブローニャが母カカリアに操られた状態になってしまう。カカリアはブローニャを利用して、デザイアジェムを埋め込まれたウェンディ、コンケストジェムを持つ芽衣の二人をME社へ連れ去る。カカリアは敵対組織ネゲントロピーの一員。ME社はカカリアによって乗っ取られネゲントロピーの拠点となっていた。
キアナ達はME社へと侵入。芽衣を救出できたものの、ウェンディはジェムを取り出され死亡。ブローニャも重傷を負った。テレサはブローニャを助けるべく、聖フレイヤ学園の秘密が隠された地下へと向かった。
伏線：ブローニャと母カカリアとのわだかまり オセアニア支部で操られたブローニャは自身の意思に反して、ウェンディと芽衣を攻撃。ME社では再び操られることを防ぐため、脳内のバイオチップを破壊しようとして重症を負う。 この一件でブローニャは母カカリアと正面から向き合えなくなってしまう。このわだかまりを解消することが、理の律者継承へと繋がっていく。
Chapter：3, 4
【第二次崩壊編】母セシリアとの出会い
テレサの後を追ったキアナはそこでバーチャル空間へと転送され、第二次崩壊が起こったシベリアでの出来事を追体験する。
しかし、すべてはキアナの中の第二律者シーリンが見せた幻だった。キアナが幻の中で知った謎の呪文を唱えると、キアナの中から崩壊エネルギーが溢れ出した。
Chapter：5, 6
【空の律者編】空の律者となったキアナを救う
キアナは第二律者復活の器。オットーに作り出された実験体K423だった。律者の力を制御できる「人間」を作る上で重要なのは、人間の愛の力、絆の力。そう信じたオットーは、キアナが周囲の人々と絆を結ぶのを待っていたのだった。
テレサ達はキアナを救うべく天命を離反。天命とは反目する組織であるネゲントロピーと手を組む。ネゲントロピーの力を借り、天命本部に侵入を果たす一行。キアナの教官である姫子は、残りわずかの余命をかけて、キアナの自我を取り戻す。
伏線：オットーに殺されたフカ オットーの反したフカは殺されたが、最後の瞬間にケビンに渡していた渡世の羽に意識を移す。オットーが復活させたフカの肉体は空っぽの抜け殻。これに宿った新たな魂が識の律者だった。
伏線：プレイグジェムが証明する姫子の生死 プレイグジェムが埋め込まれた深紅の装甲をまとい、行方不明となった姫子。彼女は虚数空間に落ち、後に支配の律者がプレイグジェムを手に入れる。9章の時点は生死不明だったが、ジェムだけが見つかったことで、姫子の生死が確定した。 キアナは大きく成長した後にこの事実に直面。大人になったキアナは彼女の死を受け入れ、この出来事を乗り越えていく。
Chapter：7, 8, 9
【幕間】戦いの後
姫子とキアナの戦いの後、二人は行方不明に。二人を探すテレサ達は、天穹市でキアナの手がかりを手に入れた。その後、天命に追い回されていたカカリアの救援要請を受ける。天命は彼女の持つデザイアジェムを狙っていた。
テレサ達は救援組とネゲントロピー本拠へ帰還する組とに分かれることに。ブローニャとテレサは救援組となり、カカリアのいる「海淵城」へと向かった。
Chapter：9-EX1
第ニ部 新たな力を手に入れる
第一部で描かれた各キャラの迷いや葛藤といった弱み。それらを克服し新たな力を手に入れるのが第二部の主題。
キアナと姫子は天命の戦いの後、行方不明に。彼女たちの手がかりを求めてテレサ達は各地を飛び回る。発見されたキアナはコアの侵蝕を受け危険な状態だった。彼女を救うため、芽衣は雷の律者となりキアナと別の道を行くことを決意する。
対崩壊組織として新たにヨルムンガンドが登場。第二部序盤となるブローニャの章で尊主ケビン・カスラナが封印から解き放たれ、本格的に動き出す。滅びた前文明から崩壊と戦い続けるケビンの登場、同じく前文明から生きていたフカの過去が明かされることで、崩壊に対する謎はますます深まっていく。
【海淵城編】ブローニャが理の律者コアを継承
海淵城でブローニャは母カカリアと再会。デザイアジェムの一件で許すことのできなかった母に対してブローニャはわだかまりを抱えていた。しかし、テレサの言葉でブローニャは迷いを断ち切り、土壇場で思い切った決断をする。それは単独で海淵の目に飛び込み、カカリアがなくなったと言ったデザイアジェムを探すことだった。
ブローニャは海淵の目で中にいる「蛇」を封じ込んでいた理の律者ヴェルト・ヨウに出会う。彼はブローニャに試練を課す。試練の中でブローニャはかつて孤児院で暮らしていたゼーレと再会。蛇に唆されたゼーレを救い、ブローニャはヴェルトの試練を突破。結果、ヴェルトに認められ、律者コアを継承して理の律者となった。
しかし、封じられていた「蛇」ことヨルムンガンドの尊主、ケビン・カスラナは自由の身となってしまう。
Chapter：10, 11, 12
【天穹市編】聖痕計画の阻止
姫子との戦いの後、自我を取り戻したキアナは天穹市を孤独に彷徨っていた。
キアナは自身の中にある律者の力に怯えていたが、フカの助けもありなんとか律者の意思を抑え込むことに成功。天穹市でヨルムンガンドが画策していた非道な計画を阻止した。力を使い果たし昏睡したキアナはS級戦乙女デュランダルによって捕獲され、北アフリカにある天命の実験場へと移される。
Chapter：11-EX1, 13, 14
【廃墟都市編】神の鍵起動実験
天命はとある廃墟都市で虚数空間へのゲートを開く実験を繰り返し行っていた。キアナは何も知らないまま実験に協力させられる。そんな中、実験場をヨルムンガンドが襲撃。オットーは現れたケビンに神の鍵の交換を持ちかけた。
キアナはフカによって天命の手から逃れることができた。だが、自身の無力さに打ちひしがれ、思い出の地である長空市へと向かった。
Chapter：15
【長空市編】芽衣が雷の律者として再覚醒
芽衣はテスラと共に律者反応の検出された長空市へ。そこで天命の手から逃れたキアナを発見。だが、複数の律者コアの侵蝕を受けたキアナの体には限界が迫っていた。
キアナは人々を救うために無茶をする。ならば彼女は誰が救うのか。
キアナの体内にあるコア減らすため、再び雷の律者となる芽衣。さらにキアナを律者としての運命から救うべく、芽衣はヨルムンガンドと行動を共にすることを決めたのだった。
Chapter：16, 17
【珊瑚島編】アナとフクロウの悲劇
珊瑚島で発生した崩壊災害に対処するため、天命とヨルムンガンドは共同戦線を張る。天命からは戦乙女の部隊「不朽なる刃」、ヨルムンガンドからは芽衣、ワタリガラス、フクロウが派遣された。
珊瑚島で氷の律者とし覚醒したのは天命の戦乙女アナ。彼女は以前の崩壊災害でフクロウを救出したことがあった。恩人であるアナを助けようとしたフクロウは、自身も星の律者として覚醒。律者となった二人の姿に芽衣は自分とキアナを重ねてしまう。
Chapter：18, 19
【識の律者編】フカの過去
空の律者の力を制御するヒントを求めて、キアナはブローニャとともにフカと縁のある太虚山へとやってきた。二人はここでフカの弟子だったという林朝雨と出会い、彼女の助けを借りてフカが残した記憶を覗き見る。フカは前文明に生まれ、長きに渡って崩壊と戦い続けた戦士だった。
記憶を集めつつ山頂へ辿り着いた二人の前に現れたのは、いつもと様子の違うフカ。彼女は識の律者、オットーが復活させたフカの肉体に宿った新たな魂だった。二人は識の律者と戦い、フカの肉体を取り戻す。
Chapter：20, 21, 22
【千人律者編】薪炎の律者の誕生
新たに現れた律者は、千人の人形を操る支配の律者。律者としては弱いが、自分たちの弱点を把握し、狡猾に動き回る。今までとは異なる律者を相手にする人類。天命、ヨルムンガンド、ネゲントロピーは彼らが起こした事件の情報を共有することに。
キアナはこの戦いの最中に空の律者と再び相対する。だが、今度は逃げることなくもう一人の自分に打ち勝った。律者コアの主導権を得たキアナは、聖フレイヤ学園と姫子の姿を目にする。それはコアに残された記憶の残影。キアナはできていなかった最後のお別れを彼女に告げた。
姫子から受け継いだ意思、支えてくれた人々の力を束ね、キアナは新たな力を手に入れる。そして炎の一撃によって支配の律者の力を削りきった。
未確定伏線？：黒ゼーレ ブローニャ、芽衣、キアナらは律者となり新しい力を手に入れた。ゼーレも裏意識の完全開放という形で新しい装甲が実装された。 しかし、第二部で強化されたキャラの中で、ゼーレだけが律者という形態ではない。 ゼーレの裏意識である黒ゼーレはゼーレが持つ天然聖痕に刻まれた前文明の記憶。この記憶は前文明の第六律者、死の律者である可能性がある。 ゼーレのさらなる成長が第三部で描かれ、死の律者形態が実装されることになるのか？
未確定伏線？：識の律者の力を扱えないフカ 識の律者を封じるため、戦いの最後に消えようとしていたフカ。キアナは彼女に手を伸ばし救った。 同じ肉体に二つの魂は存在できない。キアナに敗北した識の律者はフカの肉体を出ていった。 だが、律者としての力は識の律者の方に主導権がある。22章後のフカは識の律者の力を自由に行使できる状態にない。25章では識の律者の意表を突いて力を使った。 黒ゼーレの件と同じくまだ描写の余地が残っている。第三部で識の律者との折り合いがつくのか？
Chapter：23, 24, 25
【幕間】虚数の樹の接続実験
デュランダルは過去の極秘任務で体内に世界の泡のひとつを格納していた1ビジュアルノベル「デュランダル」での出来事。この世界の泡は不安定な存在であり一時は崩壊しかかっていた世界。デュランダルがこの世界の泡を手放すには、虚数の樹に接続する必要があった。
オットー主導で行われる虚数の樹との接続実験。デュランダルはそこでかつて極秘任務で出会った仲間――元戦乙女の時雨綺羅、前文明のしゃべる聖遺物「デュランダル」と再会。時雨綺羅はシュガーズと呼ばれる異星人の仲間となり、彼らが作った世界の泡で暮らしていた。
聖遺物「デュランダル」の力で実験は成功。デュランダルは長い間、背負っていた責任から解放された。
Chapter：25-EX1
第三部 最終章？
【カロスタン編？】
Chapter：26
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