第1章
雪の降る小さな町で暮らしていた少女キアナはある日、初めての崩壊現象に遭遇。謎の少女（シーリン）と戦う父に逃げるように促されキアナは難を逃れた。
第2章
父を探すため千羽学園に入学していたキアナは再び崩壊現象（第三次崩壊）に遭遇した。キアナは携帯電話に搭載された崩壊エネルギー検知機能に従って学園内を進む。
サブストーリー1,2
千羽学園のバイク部に入部した生徒は、レーシング部と勝負をすることに。しかし勝負中に崩壊ゾンビとなりバイクで走り続けていた。わずかに残った意識で「助けて」とメモを残す。
第3章
キアナは学園の先輩である雷電芽衣に出会う。しかし、ゾンビから助けたものの彼女は自暴自棄になっており、何も話そうとしない。
芽衣を助けようとすると、彼女は角と羽を生やした異様な姿となり、あたりには雷光が走った。キアナは芽衣から溢れ出た崩壊エネルギーの中に、彼女の記憶の断片を見る。
カスラナ家 崩壊エネルギーによってゾンビ化しない、エネルギーを遮断するなど特異体質。キアナによれば、崩壊の中で生き残れるのはカスラナ家の者ぐらいしかいない。 崩壊エネルギーを消し去る力もある（サブストーリー3より）
第4章
雷電芽衣が律者かもしれない。崩壊の中心たる彼女を探し出したキアナは、崩壊エネルギーから知った彼女の記憶を利用して揺さぶりをかける。
芽衣の過去（大まかな流れは崩壊3rdと同じ。細部は異なる） 父は芽衣のことを後継者として道具としてしか見ていなかった。それでも、芽衣は努力し優秀な成績を残した。しかし、父親は違法取引で逮捕されてしまう（崩壊3rdではカカリアに陥れられたため）。犯罪者の娘として学園では侮蔑の対象になった。
屋上から飛び降りようとする芽衣 キアナはこの時、間に合わなかったが、律者人格が止めた。崩壊3rdではキアナが芽衣の手をとっている。
千羽学園の制服 キアナと芽衣の夏服が違うのは学年のせい。（崩壊3rdではこのあたりの言及がない）
崩壊とは（芽衣を助けた後のキアナの台詞より） この世界で周期的に起こる謎の災害。戦争、伝染病、隕石などの自然災害といった様々な形で起こる。巨神兵器が現れることもある。 世界でもっとも繁栄している種に壊滅的なダメージを与える。ヨーロッパの人口を3分の1にまで減らしたペストの流行もこの崩壊災害の一種。 第三次崩壊では地表のほとんどの人類は死滅した（資料：火を追う蛾） 崩壊エネルギー 崩壊とともに発生する世界のありとあらゆる法則を捻じ曲げるエネルギー。芽衣のように意識に異変をきたす例をキアナは知らなかった。
キアナは芽衣を救い、正気を取り戻させた。学園のみんなを殺したのは私だという芽衣を励まし、共に戦おうと誘った。
第5章
千羽学園で唯一生き残った二人は学園からの脱出をはかる。道中、失踪中の父のことを話した二人は少し打ち解けることができた。
千羽学園 学園はME社の出資で建てられた。雷電龍馬によって作られたようなもの。実験棟は一般生徒は立入禁止だが、芽衣は特別に入ることができる。
実験に執心していた雷電龍馬 父が何かの実験に熱を上げており、芽衣は孤独な子供時代を過ごした。勉強は父の雇った家庭教師から。唯一のお喋り相手は剣術の先生だった。雷電龍馬は今、失踪中らしい。追憶編には未登場。
芽衣が入ることができるという実験棟を進む二人。そこで獣のような声を聞く。実験棟にいたのは尻尾の生えた女の子と、倒れ伏した女の子。
サブストーリー3
崩壊ゾンビの少ないであろう立入禁止を通って行こうとしたキアナと芽衣。しかし、崩壊源である尻尾の女の子が立入禁止まで追ってきたためゾンビが集まってくる。崩壊源は崩壊エネルギーを吸収して時間が経つほど強力になってしまう。
しかし、彼女にも芽衣のような理由があるかもしれないと、話しをしてみることに決めた。尻尾のついた女の子は元は神社に住む白い狐。崩壊エネルギーによって今の姿となった。狐であった時、倒れていた女の子に抱きかかえられ一晩を過ごしたことがあるという。女の子は崩壊災害前に亡くなっていた。
キアナは白狐の内にある危険な崩壊エネルギーを消し去ると言うが、白狐は女の子が死んだ経緯を突き止めるため、キアナの制止を振り切った。
キアナの携帯電話 ジークフリートが作製。崩壊エネルギーを検知する機能もある。
女の子が死んだ経緯を知った白狐はもう元の狐に戻るという。しかし、女の子の事情を把握して安堵したすきをついて、狐の身体は崩壊の意思に乗っ取られてしまっていた。
二人はなんとか白狐を崩壊の意思から救うことに成功。崩壊の意思が抜けた白狐はただの狐へと戻った。狐は女の子を守りゾンビを近づけさせないつもりであった。（何故か動物の言葉が分かった芽衣による解説）
「人間は冷たい。人間よりも動物のほうが情が厚い」と言うキアナに、「一部の人間が『そう』であるだけ」と芽衣はさとすのだった。
第6章
学園都市を脱出したキアナ達。芽衣は雷電家に伝わる北辰一刀流でキアナと共に戦っていた。ゾンビのいない高架上を通って二人は進んでいくことに。
芽衣は電車が通過する時に機甲の襲撃を受けることに気づく。機甲の襲撃から避けるため二人は脱線した廃車にいったん隠れることにした。
襲撃してくる機甲のロゴを気にする芽衣。機甲のロゴは学園の実験棟にあったロゴと同じであるという。機甲はME社と何か関係が？
その時、キアナの携帯は猛スピードで近づく崩壊源を検知。人を乗せた白い機甲が二人に近づきつつあった。
機甲に乗っていたのはブローニャという少女。
ブローニャ ドープ型少女決戦兵器、重装ウサギ19cの適応者 回収ターゲット？を回収するためにやって来た
二人はなんとかブローニャを撃退、機甲達もブローニャと共に撤退していく。しかし、芽衣はどうしてもブローニャが気になり、彼女を追おうとする。仕方なくキアナもそれに同行することにした。
第7章
ブローニャを追い、駅にやって来た二人。駅はエンジンオイルのにおいで満たされ、キアナの携帯は駅を覆い尽くすほどの崩壊エネルギーを検知。
機甲達は駅で貨物列車に謎の箱を運び込んでいた。乗り込んだと同時に発射した列車に、芽衣は自分たちをおびき寄せる罠だと指摘。
機甲の格納庫にたどり着いた二人はブローニャに遭遇。やはり、これは罠だった。機械的にふるまうブローニャに、芽衣はあなたは機械ではない、自分の意志で私達と話していると話しかける。想定外の芽衣の対応に、異常をきたしたブローニャは二人の前から逃走した。
サブストーリー
ME社の格納庫でのサブスト。巨大企業を苦労して作り上げたにもかかわらず、違法取引に手を染めた芽衣の父に疑問を抱く二人。あっさり有罪判決が出たことも怪しい。誰かに陥れられたのではとキアナは推測する。
機甲の設計図に実験棟にあったロゴを見つけるキアナ。このロゴは天命でも使われていない。芽衣の父親は何者かに利用されている可能性がある。黒幕を見つけるために二人は先を急ぐ。
第8章
格納庫から脱出するとそこはME社の本社ビルだった。機甲だらけの本社ビルを進みながら、芽衣は父が各界の著名人や政府高官と交流していたことを教える。それに加えて、小さい頃に誘拐され、このロゴを見たこともあるという。
屋上にやって来た二人は、再びブローニャと相対する。芽衣は剣術で習った五感に訴えかえるという方法でブローニャを支配から解き放たとうと試みる。
芽衣の策に再びエラーを発したブローニャは、母親のカカリアによって完全に制御されてしまう。
操られたブローニャと戦い、二人はブローニャをカカリアの支配から解き放つ。キアナはシステムの再起動を阻害し、ブローニャはカカリアの支配から脱した。
サブストーリー
キアナ達は長空市のランドマークホム楽園にたどり着いた。長空市のホム楽園は世界最大規模というキアナの解説を聞いたブローニャはホム楽園に興味を抱く。崩壊エネルギーの調査をするという名目でホム楽園に行きたがるブローニャに、芽衣は園での休憩を提案した。
第9章
ブローニャと行動をともにするキアナ達。そこに国連所属部隊「戦乙女 第五小隊」の戦艦が現れる。戦艦への避難を呼びかける声にほっとする芽衣だったが、戦艦が天命所属だと分かるやブローニャは戦闘モードに移行。その影響でネゲントロピーの構成員だと勘違いされてしまった。
拘束された牢屋から三人は脱出。しかし、戦艦内を進む三人の前に小隊の隊長姫子が立ちはだかる。姫子にはキアナ達の攻撃は通用せず、その上キアナは姫子を「おばさん」と呼んで怒らせてしまう。身の危険を感じた一行は、姫子の前から逃げ出した。
常人にはない戦闘力を持つ姫子に疑問を抱く芽衣。戦乙女のことを知るブローニャは、芽衣に彼女らの力のわけを説明する。崩壊エネルギーを利用して戦うことについてはキアナも説明を付け加える。
元いた牢屋の近くにある脱出口まで向かうことにした三人。道中でキアナは天命にあうなんてついていないと愚痴る。理由は知らないが、天命から逃げるためにキアナは父と何年も逃亡生活をしていた。（キアナが原因なのだが、ここではパパが天命でやらかしたとキアナは思っている）
戦艦内で情報が得られればと言う芽衣に、ブローニャはシステムに侵入すればできると言い出す。ブローニャが侵入できる接続ポートは艦橋にある可能性が高い。芽衣は行くべきというが、キアナは危険だとしてそれを断った。
再び牢屋近くまで戻って来たキアナ達。姫子も再び一行の前を塞ぎ、脱出を阻止するために戦艦に離陸命令を出した。が、キアナ達はブローニャの重装うさぎで床に穴を開け、戦艦の下層へと逃走した。
第10章
下層に広がっていたのは庭園。今後の方策としてブローニャは二つの案を提示する。艦橋に向かい武力制圧するか、脱出ポットを探すか。芽衣はキアナの父の情報が手に入る艦橋を目指すべきだと主張。芽衣の勢いに負け、キアナは艦橋を目指すことに同意した。
庭園を進み、艦橋に近づくと、ブローニャは艦橋に待機する戦乙女部隊を検知。またもや戦艦内を破壊して配線口から艦橋へ侵入ルートを提案した。しかし、床を破壊するとブローニャの想定していない空間を発見。一行を追ってきた姫子によるとそれはハイペリオンの武装である核融合システム。重装うさぎで天井を崩落させ、姫子から逃げる三人。
核融合装甲を使えない姫子はキアナ達にしてやられる。「律者への対処するつもり？」というキアナの言葉に、姫子は律者の存在を知り、崩壊区域で規定の作戦を開始すると通信で報告。聖フレイヤ学園に応援を要請した。聖フレイヤ学園からの応答に出たのは学園長のテレサ。キアナのことを知るテレサは、キアナ達がネゲントロピーでないことを保証した。
操られたブローニャが敵でないこと証明するためにキアナ達は前線行きを志願。無事にネゲントロピーを撃退した。しかし、核動力炉がブローニャの襲撃を受ける。
キアナ達はブローニャの装甲を破壊。すると、重装ウサギを利用して核融合を起爆させようとする。芽衣は今までのブローニャの思い出を語りかけ、自爆を思いとどまらせた。
ブローニャは戦艦を降り、精密検査を受けることに。自爆をしようとした時、ブローニャは自力で脳内チップの制御に抗おうとしていた。しかし、キアナがブローニャを気絶させたことで、チップは物理的に破壊されたとテレサはスキャンの結果を教えた。
ブローニャが戦艦から降りようとした時、ネゲントロピーが通信をジャック。シン・マールが通信に割り込んできた。役たたずのブローニャに代わり、任務を遂行すると宣言して攻撃を開始。
核融合炉を攻撃するシンに勝利する三人。なおも戦おうとするシンにカカリアは撤退命令を出す。カカリアの強い口調にシンは捨て台詞を残して撤退した。
しかし、核融合炉の損傷がひどくハイペリオンの航行継続は難しい。ブローニャは操られた時にネゲントロピーのシステムに接続し戦艦の構造図を手に入れたという。それを利用しネゲントロピー戦艦をハックすることを提案する。姫子はその提案を受け入れ、相手戦艦にハイペリオンごと突撃。できた穴から内部に潜入することとなった。
第11章
動力炉の中心に近づきあった三人の前に再び現れるシン。自身の方がブローニャよりも優れていることを示そうと、ブローニャを襲う。シンを圧倒したブローニャは、強さを求めるシンに自分の気持ちを伝えた。芽衣に人間らしいことを教えられたブローニャは強さを求めるだけでは誰も救えないということに気づいた。強くなっても、ゼーレもシンも手の届かないところにいってしまった。
操られたシンの口を借りてカカリアは「動力炉で待っている」と告げる。彼女は戦乙女の戦いは無意味だと言う。崩壊は人類の発展とともに発生する。天命のしていることは人類の滅亡を早めることにしかならない。
※動力炉には「シーリン」と書かれている。
ネゲントロピーは大崩壊を誘発することが目的だった。ネゲントロピーは裏で科学技術の限界を引き上げてきた。この技術で一部の人類を守り大崩壊を誘発。その際に発生する崩壊エネルギーを放出させ、次世代の人類を生存させる。天命の崩壊を封じ込める方法は逆の方法をとるつもりであった。
ブローニャはこの技術の結晶。カカリアの娘たちが新しい人類となる。しかし、人の温かさを思い出したブローニャはそれを否定し、カカリアと戦うことに。
カカリアの狙いは、学園地下にある大崩壊を誘発させるある道具。それは2000年に発生した第二次崩壊の原因、第二律者の残骸だった。そして、第三律者である芽衣もカカリアの狙いのうちであった。カカリアの命令で体内のジェムの力を解放するシン。
破れたシンはカカリアによって深い眠りにつく。動力炉は第二律者シーリンの核心。カカリアは最後の娘シーリンを呼び覚ましキアナ達に差し向けた。
第12章
核心のシーリンを起こしたことで動力炉は停止。ネゲントロピーの戦艦を落下し始める。キアナはテレサの撤退命令を無視、動力炉を閉じてシーリンの覚醒を阻止することを選ぶ。芽衣とブローニャもキアナ達を助けるため、戦艦に残ることにした。
月光王座（ムーンライトスローン）は墜落。墜落地点からは大量の崩壊エネルギーが検知される。テレサはシーリンの復活を悟り、学園は最後まで戦うと天命本部に伝えるようハイペリオンに命令を出した。
ネゲントロピーの戦艦は学園の教会に墜落。学園ではテレサの指揮の下、ゼーレ達戦乙女がネゲントロピーの機甲を掃討した。ブローニャの身を案じるゼーレ。一縷の望みにかけて、テレサ達はキアナらを探す。そこで見つかったのは重装ウサギに守られた芽衣とブローニャ。キアナは芽衣を押し出し一人動力炉に入ったために見つからなかった。
テレサ達はキアナの生存を信じて捜索を続行。崩壊エネルギーの漏出ポイントにたどり着いた。
テレサはもう隠す必要がないとして天命の律者研究について語った。
天命もネゲントロピーと同じように第二律者復活の研究をしていた。結果は失敗に終わったものの、崩壊エネルギーを利用する技術は飛躍的に向上。本来、戦乙女は天命の三大家系者か高度な崩壊適応者しかなれなかったが、適正が大幅に緩和された。そして、聖フレイヤ学園で戦乙女の育成されるようになった。
シーリンに近づくにつれ濃くなっていく崩壊エネルギー。テレサは姫子に戦乙女達を連れて撤退するよう言うが、姫子は教え子であるキアナを連れ帰るといい切った。
芽衣は天命にシーリンを復活させる力があるのか疑問を抱く。テレサは第二次崩壊後の天命について語る。第二次崩壊で天命は一気に勢力を削がれた。その時に現れたのが謎の組織ネゲントロピー。律者の残骸を渡せと要求。盟主である第一律者ヴェルトを切り札に交渉してきた。天命はヴェルトの力の前に律者コア片の一部を譲渡。残りはドグマエリアへと隠した。ネゲントロピーの狙いはコア片の回収と融合。
一方、動力炉に入ったキアナは「ママ」と呼ぶ声を聞く。キアナがいたのはシーリンの世界。ガラクタや残骸ばかりの荒れ果てた空間だった。ママを待っているというシーリンに、キアナは手を伸ばさなくては駄目だと外に連れて行ってあげると言った。
テレサ達はドグマエリアへ侵入。ネゲントロピーの戦艦は天井を突き破ることでこのエリアへ突入したようだった。テレサ達の前にカカリアが現れ、キアナが落下。全ての条件が揃ったと高笑いするカカリアにキアナ達は立ち向かう。
カカリアに勝利したキアナ達だったが、第二律者のコアはキアナと融合していた。突然、キアナが呻き、周囲の崩壊エネルギーがキアナに集まっていく。再び、高笑いキアナに父親を探す必要はないと告げるカカリア。キアナの父ジークフリートは2012年に死亡していた。天命から逃げ出した律者の実験体――キアナの暴走に巻き込まれて。
カカリアの告げる真実にテレサも動揺。テレサは逃げた親子を追跡中に負傷させたせいだと報告を受けていた。
カカリアは残酷な真実をキアナに教える。キアナは天命に作られた神の器。第二律者のコアを受け入れるために作られた実験体だった。
真実を知り激しく動揺するキアナ。テレサは完全な融合をさせてはいけないと叫ぶ。キアナが完全な律者となるには芽衣の中にある律者コアの欠片が必要だった。
崩壊エネルギーが高まりブローニャは重装ウサギに全力で守るよう指示を出す。爆発が収まった後、そこにいたのは律者となったキアナだった。カカリアは膨大な崩壊エネルギーに飲み込まれ死亡。芽衣の中のコアの欠片を守るべくキアナとの戦いが始まった。
律者となったキアナはみなを攻撃。変わり果てたキアナの姿を悲しむ芽衣に、キアナは最後の一瞬、自我を取り戻す。しかし、時既に遅くキアナは「一緒に還ろう」と呟く。直後に大崩壊が発生。地球上の全生命は失われた。
崩壊発生の後、謎のプログラムが起動する。「DNAの読み込み開始――再起動の周期設定完了」
新生編へ続く。