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メインストーリー
追想編
いなくなった父を追うキアナは千羽学園で崩壊現象に遭遇。崩壊現象の引き金となったのは、ネゲントロピーによって律者コアの欠片を埋め込まれていた芽衣。キアナは荒んだ芽衣の心を救い、二人は共に千羽学園から脱出を試みる。そこに芽衣を狙ってブローニャも登場。キアナに救われた芽衣は、自分の意思をなくしたブローニャに根気強く語りかけ彼女の氷のような心を溶かすことに成功。さらに三人は聖フレイヤ学園の戦艦に保護され、戦乙女として戦うことになる。
敵対組織ネゲントロピーの狙いは天命に隠されていた第二律者のコアの欠片、そして第二律者の完全復活だった。カカリアはシーリンの核心を目覚めさせる。キアナは第二律者復活を阻止しようとしたところシーリンと出会い、第二律者として覚醒してしまう。
キアナは天命によって作られた第二律者復活のための器、実験体だった。芽衣達はキアナを救うために戦うが、あえなく大崩壊が発生。地球上の生命は死に絶えた――がその時、謎のプログラムが起動。再び物語は千羽学園から始まる。新生編に続く。
新生編
漫画
幻海悲歌
孤児院時代のゼーレとブローニャのエピソード。新しく孤児院に来たブローニャを姉と慕うようになるゼーレ。その様子に嫉妬するシン・マール。ブローニャはシンによって階段から突き落とされ負傷。脚を怪我したブローニャに代わりゼーレはX-10実験に名乗り出、肉体が量子化し量子の海を漂うこととなる。
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