序章 モンド編
第一幕：謎の神の封印から目覚めた異邦人の主人公。偶然出会った案内役パイモンのすすめで、妹を探すためにまずモンド城を訪れる。しかし、風と自由の都モンドでは風魔龍・トワリンが暴れ狂い、人々を悩ませていた。
第二幕：トワリンと会話していた吟遊詩人ウェンティと再び遭遇。ウェンティはある計画があると言い、主人公に天空のライアーを盗ませるようとするが、守衛に見つかってしまう。二人が逃げこんだ先は酒場エンジェルズシェア。ウェンティはオーナーのディルック、西風騎士団代理団長のジンに事情を説明。トワリンを救うためウェンティに協力することに。
第三幕：トワリンの暴走にはアビス教団が絡んでいた。教団がかけた呪いから救うには、涙の結晶を浄化できた主人公の力が必要。一行はトワリンのいる風龍廃墟へと向かい、アビスの腐食から解放する。西風騎士団は風災が終わったことを周知。人々のトワリンに対する誤解は解けた。
第一章 璃月編
第一幕：璃月にやって来た主人公とパイモン。迎仙儀式を見に行くと、空から降ってきたのは岩王帝君の遺体。異邦人である主人公は疑われてしまうと考え、儀式の場から逃げ出すも千岩軍に見つかってしまう。窮地に陥った二人を助けたのは、ファデュイ執行官のタルタリヤだった。
第二幕：状況を打破する人物としてタルタリヤから紹介されたのは、往生堂の客卿、鍾離。七星は暗殺事件の後、亡骸をどこかへ隠してしまった。帝君の遺体を確認したいなら、送仙儀式の準備を手伝うしかない。主人公は鍾離の手伝いをしながら、璃月の歴史と文化について知る。手伝いの礼として食事をしていると、凝光の使者甘雨が現れて群玉閣へと招待した。
第三幕：刻晴、凝光から璃月の現状と彼女達の考えを聞かされる。璃月港で良からぬことを企んでいたのはやはりファデュイだった。亡骸の在り処を知ったタルタリヤは黄金屋を襲撃。神の心がないことに気づくと渦の魔神オセルの封印を解く。主人公は仙人達や凝光、刻晴らと協力し、オセルを再び封印。この結末は岩王帝君とシニョーラが意図したものった。