束の間の休息を終え、木漏茶屋にやって来た主人公とパイモン。やけに静かな店内に不安になっていると綾華がトーマの危機を知らせる。トーマが話していた天領奉行の儀式とは、他ならぬトーマの神の目を狩る儀式のことだった。立場上、動きづらい綾華に変わりトーマの救出に向かうことになる。
トーマの神の目がまさに狩られようとしている間一髪のところに到着。雷電将軍と謎空間での戦闘。目狩り令が執行され主人公以外は元素スキルと元素爆発を封じられる。（主人公を使っているとは言ってない）雷電将軍のHPを一定削ると神罰？が下されまたムービー。
雷電将軍の強烈な一撃をくらい意識を失う主人公。謎空間から戻ってくると、雷電将軍の目の光が失われる。
誰かに操られているのか…？
雷電将軍によって止めの一撃が下されようとしたその時、トーマが何とか縄から抜け出し主人公を救出。パイモンとともに主人公を支え、目狩り儀式の場から逃走した。雷電将軍は主人公も目狩り令の対象にするよう支持を出す。
木漏茶屋で一息つく一行。身動きがとれなくなってしまったトーマは、社奉行とって最も安全な木漏茶屋に身を隠すという。また、抵抗軍ならお尋ね者を受け入れる可能性があるため、たたら砂の抵抗軍に参加することを提案した。
たたら砂に向かいながら情報収集すると、抵抗軍と幕府軍が名椎の浜で交戦中との情報を得た。
名椎の浜に赴くと幕府軍に襲われている兵の姿が。助けると彼は抵抗軍シャコ小隊の哲平と名乗った。哲平は主人公の強さを見込んで抵抗軍に勧誘する。
願ってもないチャンスに、主人公は哲平と共に藤兜砦で抵抗軍の指揮官であるゴローと対面。諸々の事情を話すと、抵抗軍への加入を許された。
傷薬（哲平に薬の材料として渡す選択肢：ググプラム、オニカブトムシ）を作ったり、弓のお手本を見せたり、壊れた拠点の壁を修復したり…。哲平と共に拠点内を回り、抵抗軍の面々と親交を深め、軍の状況を把握する。
軍の状況を把握してゴローの元へ戻ると彼は不在。前線に九条沙羅率いる増援が現れ、ゴローが出陣したとのこと。哲平と共に戦場へ。
名椎の浜で対峙するゴローと九条沙羅。沙羅はお尋ね者の主人公を渡せとゴローに迫る。「抵抗軍は仲間を売ってはならない」珊瑚宮が決めた規則を守り、要求を跳ね除けるゴロー。そこに主人公と哲平が駆けつける。
開戦の前の一騎打ち「陣前比武」に主人公が出るようすすめる九条沙羅。主人公はそれを受け、幕府軍の精鋭3人を下す。
ついに抵抗軍と幕府軍が激突。戦力面で劣る抵抗軍は押され気味となる。しかし、戦いの最中、珊瑚宮心海が傭兵を引き連れて帰還。北斗、万葉らを始めとする死兆星号の傭兵達の加勢により、形勢は一気に逆転。幕府軍は撤退していっった。
（その後の会話シーンで録画が切れる…）
心海の提案により、抵抗軍の本拠地である海祇島で今後の対策を立てることに。案内役は海祇島に詳しい哲平。